סדר היום בגן ייבנה בהדרגה עם הילדים- עם כל ילד מהמקום והתזמון ממנו הוא מגיע (אין צורך "להתאים" את הריתמוס שלו לגן). ייבנה שלד של יום שיבסס אפשרות למתן מענה לצרכים דיפרנציאלים של ילדים בהזמנות השונות המוצעות בו-זמנית בחלקי היום השונים, בחללים השונים הפתוחים בפני הילדים, בעבודה בקבוצות קטנות, בהיענות לצרכים דיפרנציאליים מבחינת מזון, מנוחה ועוד.

המענה הדיפרנציאלי יהיה חלק מובנה ורציף מ"סדר היום" בכיתת התינוקות וככל שנעלה \נצמח לכוון חתך הגילאים הבוגרים יותר, נמצא כי הצרכים הבסיסיים של הילדים- גישור בין הבית לגן בבוקר, ארוחת בוקר, ארוחת צהריים, מנוחה, ארוחת ארבע וגישור בין הגן לבית- יהוו את שלד הגן כשבין ה"תחנות" הללו אנו רוקמים בישיבות הצוות מידי שבוע את ההזמנות שנציע לילדים.

לילדים תהיה אפשרות לבחור בין הזמנות שונות, בחללים שונים לאורך רוב שעות הפעילות והם יוכלו לבוא במגע עם כל ילדי הבית; ככלל יהיו חללים, מועדים ביום בשבוע, בתזמון (חגים ומועדים) ובהזמנות בו יהיה חיכוך, ביקור ומפגש בין כיתתי מתוכנן, חוויה\חוויות משותפות לחלק\לכל ילדי הגן ועוד, תוך התאמה לכל קבוצות הגיל.

גן שורשים פועל בימים א-ה בין השעות 7:30-16:45. יום אחד קבוע בשבוע הגן מסתיים בשעה 16:00 לצרכי פעילות פדגוגית (עדכון על יום קבוע זה, יימסר קרוב לפתיחת שנת הלימודים). ביום ו' פועל הגן בין השעות 7:30-12:30 (שעת האיסוף תהיה עד עשר דקות לפני סגירת הגן).